1月
1月6日 公布《河海大学博士、硕士研究生发表学术论文的补充规定（暂行）》。
1月 经国务院学位委员会学科评议组专家评审通过，我校新增马克思主义基本原理、思想政治教育、社会学、物理海洋学、计算机应用技术五个博士学位授权点。
2月
2月21日 公布《河海大学2006年招收高水平运动员有关规定》。
2月 教育部公布“新世纪优秀人才支付计划”2005年度入选人员名单，我校张阳教授、陆光华教授，黄国如副教授入选。
2月 教育部学位管理与研究生教育司批准我校建设国际水环境研究生创新中心，并作为2006年国家研究生教育创新计划项目。
2月 我校主持的国家“863”重大科技专项“苏州市水环境质量改善技术研究与综合示范”通过科技部专家组验收。
3月
3月12日 我校承办的2005-2006李宁杯中国大学生五人制足球联赛江苏赛区的比赛拉下帷幕，我校夺得冠军，晋级第二阶段比赛。
3月14日 印发《河海大学本科毕业生就业工作考核评估办法》。
3月15日 印发《河海大学校友助学基金章程》、《河海大学校友助学基金评定办法》。
3月15日 颁发《河海大学授予高等教育自学考试本科毕业生学士学位暂行办法》。
3月17日 印发《关于进一步加强和改进校园文化建设的实施意见》。
3月19日 印发《关于进一步加强和改进学生社团工作的实施意见》。
3月19日 印发《河海大学学生社团实践管理办法》。
3月26日 河海大学在江宁校区会议中心召开第二十九次学生代表大会，来自校本部、常州校区、江宁校区代表共208人参加了会议。
3月27日 印发《关于进一步加强和改进大学生党建工作意见》。
4月
4月2日 印发《关于进一步加强和改进校园网络管理工作的实施意见》、《关于进一步加强和改进大学生心理健康教育工作的实施意见》。
4月10日 学校举办2006年研究生毕业暨学位授予典礼，120人获博士学位，825人获硕士学位，200人获工程硕士学位；同时举行的还有我校与法国里尔科技大学培养的首批博士及双学位硕士授予仪式，8人获里尔科技大学博士学位，13人获里尔科技大学工程师学位及我校硕士学位，里尔科技大学副校长布洛卡教授和里尔工程师学校副校长德韦萨女士专程出席仪式并颁发学位证书。
4月12日 印发《河海大学授予全日制普通本科毕业生学士学位管理办法（修订）》。
4月27日 韩国韩南大学副校长崔荣根、校长助理郭德焕访问我校。我校副校长朱跃龙热情接待来宾，经过坦诚而友好的交流，双方表达了加强合作的愿望，朱跃龙副校长与崔荣根副校长分别代表两校签订了合作协议。
4月30日 印发《河海大学优秀毕业生评选办法（修订）》。
4月 全国政协原副主席钱正英院士考察了我校主持的国家“863”、“十五”重大科技专项“苏州市城市水环境质量改善技术研究与综合示范”课题。
4月 教育部正式公布2005年度高等学校本科教学工作评估结果我校被评为优秀。
5月
5月7日 名誉校长严恺院士逝世，享年94岁。胡锦涛总书记，温家宝总理，曾庆红副主席委派工作人员打来电话表示哀悼，向亲属表示慰问并以个人名义送了花圈。告别仪式于5月13日举行，全国政协原副主席钱正英，江苏省省长梁保华等出席。
5月10日 常州校区主题为“时代·青春·使命”的第十六届校园文化艺术节开幕。
5月18日 印发《关于进一步加强和改进大学生思想政治理论课、形势和政策教育的实施意见》。
5月19日至20日 由常州市人民政府与河海大学主办，河海大学常州校区、常州市科技局、市科协、中国常州国家动画产业基地管理中心等单位承办的“2006中国·常州国际首届动漫产业与动漫教育及设计高层论坛”在常州校区举行。
5月22日 “第二届国际应力—水流—热—化学耦合”学术大会在我校举行来自20多个国家的200余名专家学者与会，徐卫亚教授担任大会主席。
5月27日 河海大学“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室昆山实验基地”揭牌仪式在昆山市举行。
5月 “第三届中—荷岩土工程学术论坛”在我校举行，来自中国、荷兰、日本等国家的数十位专家学者出席，其中11人作专题报告。
6月
6月9日 经河海大学、南京航空航天大学、南京师范大学、南京医科大学四校共同磋商，决定成立河海大学等四校国家大学生文化素质教育基地建设工作领导小组。
6月15日 江苏省组织部，省人事厅，省科协发文表彰第九届江苏省青年科技奖获得者20人，我校唐洪武教授榜上有名。
6月25日 首届江苏省青年科学家年会资源与环境分会在我校举办。
6月27日 我校在河海会堂举行2006届本科生毕业典礼。
7月
7月3日 我校机器人足球队在德国举行的第十一届机器人足球世界杯锦标赛上获得两个项目的季军，取得世界杯成绩的突破，也是中国参赛队最好成绩。
7月6日至8日 江苏省第十六届运动会健美操高校部比赛在我校举行，在全部的5个项目比赛中，我校共夺得4个项目的冠军，1个项目的亚军。
7月 在江苏省高等学校科技创新大会上，我校被授予“江苏省科技工作先进学校”荣誉称号。
8月
8月16日 第四届农业水土工程学术年会暨农业水土资源高效利用与生态环境保护国际学术研讨会在我校举办，来自中国，美国，加拿大，日本，香港等国家和地区的200余名专家学者出席。
8月 江苏省教育厅公布2006年全省高校品牌、特色及精品课程评选结果：我校电气工程及其自动化 、工程力学被选为品牌专业；思想政治教育、地质工程、热能与动力工程、农业水利工程被选为特色专业；钢结构、水信息采集与处理被选为一类精品课程；弹性力学及有限单元法、工程水文学、结构力学、马克思主义哲学原理被选为二类精品课程。
8月 教育部公布第二届高等学校教学名师奖获得者名字，我校王惠民当选。
9月
9月4日 经我校申报，专家评议，教育厅审核，省政府批准，我校新增9个省重点学科，分别是：物理海洋学，工程力学，结构工程，水力学及河流动力学，港口海岸及近海工程，地质工程，环境工程，工程管理与项目管理，技术经济及管理。
9月27日 我校召开2006年度本科教育教学工作会议。会议主题是构建与研究型大学相适应的本科创新人才培养体系，提高本科教育教学质量。
10月
10月13日 成立“河海大学水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心研发中心”，作为国家工程研究中心与河海大学之间的互动平台。
10月13日 中国高等学校电力系统及其自动化专业第22届年会在我校举行，来自全国高校的340名专家学者出席。
10月15日 中国水利学会地下水科学与工程专业委员会在我校成立，来自全国有关单位的200余名专家学者出席成立大会。
10月17日 在第五届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛上，我校的“Nature生态食品股份有限公司”以最高分获得全国金奖。
10月25日 世界“隐形冠军”之父、中小企业战略管理大师赫尔曼·西蒙教授访问常州校区。
10月26日 我校举行第十八届校园科技节开幕式暨创业计划竞赛表彰大会。
10月27日 我校召开第四十二届田径运动会暨第八届老年人运动会。
10月27日 为庆祝建校九十一周年，我校召开“2006年度‘严恺教育科技基金’和‘徐芝纶教育基金’颁奖典礼暨河海大学建校九十一周年校庆报告会”。大会由校党委书记林萍华教授主持，校领导、获奖人员、职能部门负责人和部分师生代表参加了大会。
10月27日 常州校区举行第20届田径运动会。
10月28日 教育部直属高校档案协会第三组会议在我校召开。本次会议主题是高校档案资源建设与档案信息化建设。
10月28日 首届全国水工抗震防灾学术会议在我校举行，来自全国有关单位的近400名专家学者出席，会议共收交流论文70余篇。
10月 唐洪武、陆桂华入选“新世纪百千万人才工程”。
10月 在2006中国机器人大赛上，我校机器人足球队参加了3对3，5对5和11对11三项比赛，一举囊括了三项冠军。
11月
11月7日 常州校区举行以“科技放飞梦想·创新成就未来”为主题的第五届大学生科技节开幕式。
11月18日 全国水利工程海洋工程新材料新技术学术交流会在我校举行，来自全国有关单位的200余名专家学者出席。
11月18日 庆祝河海大学常州校区办学20周年“一校两地三区”学生互动交流活动在常州校区举行。来自校本部、江宁校区的海军国防生、“1442工程”代表、大学生心理健康协会代表、篮球队、科协成员代表、各学院学生干部代表以及参加辩论赛的选手等200余人，与常州校区相应学生组织的代表进行对口互动交流活动。
11月20日 全国教学名师、清华大学范钦珊教授受聘为河海大学“双聘名师”并在常州校区讲学。
11月24日 河海大学校长张长宽教授以“中国水资源和水能源的可持续利用”为题作了专题报告。
11月26日 学校隆重纪念常州校区办学20周年，在常州校区举办了系列庆祝活动。
11月 我校主持的国家“863计划“重大科技专项”镇江水环境质量改善与生态修复技术研究及示范”通过科技部验收。
11月 在泰国举行的2006年健美操世界杯比赛上，我校大学生组成的中国队获得六人操世界冠军。
12月
12月5日 “国家体育总局体育信息中心信息技术人才培养基地”在常州校区挂牌成立。国家体育总局体育信息中心主任赵黎等一行5人来到常州校区，与常州校区签订了基地建设协议。
12月8日 江苏省在宁高校第三届老年人体育与健康研讨会在我校召开。
12月9日 “亚洲大河河流—海岸带相互作用第一次国际学术研讨会”在我校举行，来自中国、英国、芬兰、新加坡及台湾等国家和地区的专家学者出席，10日结束。
12月12日 我校聘任中国工程院院士李圭白教授为饮用水安全研究所首席科学家。
12月13日 常州校区2006年度本科教育教学工作会议开幕。本次会议主题是“贯彻落实学校教育教学工作会议精神，推进研究性教学，培养创新型人才，全面提高本科教育教学质量”。
12月 教育部公布2006年国家精品课程评选结果，我校徐向阳教授主持的“工程水文学”当选。
12月 中宣部、中央文明办、教育部、共青团中央、全国学联授予我校“2006年全国大中专学生志愿者‘三下乡’社会实践活动先进单位”荣誉称号。
12月 江苏省政府公布2006年江苏省有突出贡献中青年专家名单，我校施国庆教授当选。
2006年教育部发文批准河海大学立项建设“海岸灾害及防护”的教育部重点实验室。